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Bundesgericht 
Tribunal fédéral 
Tribunale federale 
Tribunal federal 
 
 
 
 
4A_372/2022  
 
 
Arrêt du 11 juillet 2023  
I  
 
Composition 
Mmes et M. les Juges fédéraux 
Kiss, Juge présidant, Rüedi et May Canellas, 
greffière Monti. 
 
Participants à la procédure 
A.________ SA, 
représentée par Me Benoît Morzier, avocat, 
défenderesse et recourante, 
 
contre 
 
Z.________ SA, 
représentée par Me Pierre Moret et 
Me Julien Liechti, avocats, 
demanderesse et intimée. 
 
Objet 
contrat de licence; droit d'auteur, 
 
recours en matière civile contre l'arrêt rendu 
le 11 juillet 2022 par la IIe Cour d'appel civil 
du Tribunal cantonal du canton de Fribourg 
(102 2019 240). 
 
 
Faits :  
 
A.  
 
A.a. La société Z.________ SA fournit du matériel et des logiciels informatiques, ainsi que des services de maintenance.  
Le 12 décembre 2016, elle a conclu trois contrats avec la société A.________ SA, sise à Fribourg. En contrepartie du prix convenu, la première (ci-après l'entreprise) s'engageait à déployer pour la seconde (ci-après la cliente) un ensemble de prestations intitulé « la Solution », incluant en substance le progiciel P.________ (un progiciel pouvant se définir comme un logiciel professionnel standard, réd.), son paramétrage, les « modules Z.________ SA » et les « logiciels spécifiques ». Ces accords prévoyaient: 
 
- premièrement, l'octroi d'une licence d'utilisation sur le progiciel précité (contrat de licence); 
- deuxièmement, le développement de logiciels spécifiques pour couvrir les besoins particuliers de la cliente, non pris en charge par le progiciel (contrat de prestations de services informatiques), et 
- troisièmement, un service de support et de maintenance (contrat de maintenance). 
L'art. 11.2 du contrat de prestations de services énonçait ce qui suit: 
« En cas de non-paiement des Logiciels Spécifiques au terme prévu, ou en cas de résiliation du présent contrat pour quelque raison que ce soit, LE CLIENT est tenu de retourner une copie des sources [...] à Z.________ SA, de détruire toutes reproductions, formes et parties des Logiciels Spécifiques en sa possession, et de notifier par écrit à Z.________ SA que ces opérations ont bien été accomplies. » 
Ces trois contrats étaient accompagnés de conditions générales spécifiques à chacun d'entre eux (dénommées « conditions particulières »). En particulier, l'art. 6 des conditions générales (CG) complétant le contrat de prestations de services contenait la clause suivante: 
 
---..] Le Client pourra émettre une réserve de prestation dûment motivée dans un délai maximum de 30 jours sous forme d'un courrier recommandé avec AR [accusé de réception, réd.] après émission de la facture pour tout ou partie des prestations de la facture. [...] ». 
En vertu de ce même art. 6, « le Client » s'engageait à payer une indemnité forfaitaire de 107'289 fr. s'il résiliait le contrat sans faute de la part de l'entreprise, pour quelque raison que ce fût. 
 
A.b. Par courrier recommandé du 18 février 2019, la cliente a résilié les contrats avec effet immédiat. Elle déplorait un important dépassement du budget initial et des failles informatiques à l'origine d'un dommage qu'elle estimait chiffrable en millions de francs: elle se plaignait d'avoir subi une perte sur son chiffre d'affaires faute d'avoir pu facturer ses services pendant trois mois ainsi qu'un dégât d'image.  
L'entreprise a contesté ces accusations. 
 
B.  
Le 26 juin 2019, elle a attrait la cliente en conciliation devant le Tribunal civil de la Sarine. La cliente a plaidé l'irrecevabilité de la requête au motif que certaines conclusions avaient trait à la propriété intellectuelle (cf. art. 198 let. f CPC en lien avec l'art. 5 al. 1 let. a CPC). La juge saisie a néanmoins tenté la conciliation, en vain. 
Le 2 octobre 2019, l'entreprise a saisi le Tribunal cantonal fribourgeois d'une demande contenant plusieurs conclusions. Elle réclamait la somme de 199'771 fr. 10. En outre, dite autorité était priée d'interdire à la partie adverse de poursuivre l'utilisation de la « Solution », de l'obliger à restituer cette « Solution » et à en détruire certains éléments, enfin de la condamner à une astreinte pécuniaire pour chaque jour d'utilisation indue des logiciels spécifiques. 
La cliente a conclu au rejet et, sur reconvention, à des dommages-intérêts de trois millions de francs. Elle attendait également du tribunal qu'il constate ses « droits d'auteur sur les développements spécifiques » et la licéité de l'« usage » du progiciel P.________ et des développements spécifiques. Elle a invoqué la compensation. 
Un second échange d'écritures s'est déroulé. 
Statuant en instance cantonale unique le 11 juillet 2022, la II e Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis la demande principale:  
 
- elle a condamné la cliente à payer 92'482 fr. 10 à titre de factures impayées, plus 107'289 fr. en guise d'indemnité forfaitaire pour la résiliation du contrat, soit au total 199'771 fr. 10; 
- elle lui a interdit de poursuivre l'utilisation de la « Solution », soit des paramétrages du progiciel P.________, des modules Z.________ SA et des logiciels spécifiques développés pour ses besoins propres; 
- sous la menace de l'amende prévue à l'art. 292 CP, elle l'a astreinte à restituer la « Solution » précitée; 
- toujours sous cette menace, elle l'a obligée à détruire « toutes reproductions, formes et parties des 'Logiciels Spécifiques' en sa possession ». 
En revanche, elle a rejeté la conclusion sollicitant la fixation d'une astreinte quotidienne pour l'utilisation indue des logiciels spécifiques jusqu'à leur restitution. Elle a aussi rejeté la demande reconventionnelle. 
 
C.  
La cliente a saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile exigeant le rejet intégral de la demande principale et l'admission de sa demande reconventionnelle, tendant à l'octroi de trois millions de francs, à faire constater ses droits d'auteur sur les développements spécifiques et à faire proclamer la licéité de « l'usage » du progiciel P.________ et de ses développements spécifiques. 
L'entreprise intimée a conclu au rejet du recours, suscitant une réplique de la recourante à laquelle elle a dupliqué. 
L'autorité précédente a renoncé à formuler des observations. 
Une ordonnance du 14 novembre 2022 a partiellement admis la requête d'effet suspensif accompagnant ledit recours, à propos des chiffres I/3, I/4 et I/5 du dispositif de l'arrêt attaqué (prononçant l'interdiction d'utiliser la « Solution », l'obligation de la restituer et l'obligation d'en détruire certains éléments). 
 
 
Considérant en droit :  
 
1.  
Les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées sur le principe, notamment en ce qui a trait au délai de recours (art. 100 al. 1 en lien avec l'art. 46 al. 1 let. b LTF). La Deuxième Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a statué en instance cantonale unique (art. 5 al. 1 let. a CPC; art. 53 al. 1 de la loi fribourgeoise sur la justice [LJ; RSF 130.1] et art. 17 al. 2 du Règlement du Tribunal cantonal [...] [RTC; RSF 131.11]), si bien que la justiciable peut directement déférer sa décision au Tribunal fédéral (art. 75 al. 2 let. a LTF) sans égard à la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. b LTF). 
La doctrine s'accorde à dire que les actions contractuelles fondées sur l'inexécution ou la mauvaise exécution des contrats de licence ou de cession des droits de propriété intellectuelle entrent dans le champ d'application de l'art. 5 al. 1 let. a CPC (SUTTER-SOMM/SEILER, in Handkommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2021, n° 6 ad art. 5 CPC; HAAS/SCHLUMPF, in Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, 3 e éd. 2021, n° 4 ad art. 5 CPC; PATRICK STOUDMANN, in Code de procédure civile, Petit commentaire, 2020, n° 5 ad art. 5 CPC; VOCK/NATER, in Basler Kommentar [ZPO], 3 e éd. 2017, n° 4 ad art. 5 CPC; RAINER WEY, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 3 e éd. [Sutter-Somm et alii éd.] 2016, n° 11 ad art. 5 CPC; THEODOR HÄRTSCH, in Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Stämpflis Handkommentar, 2010, n° 6 ad art. 5 CPC).  
 
2.  
 
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier ou compléter des constatations factuelles que si elles sont manifestement inexactes - c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. - ou si elles ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 97 al. 1 et art. 105 al. 2 LTF).  
Conformément au principe de l'allégation ancré à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie qui croit discerner un arbitraire dans les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et en détail en quoi ce vice serait réalisé (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266). Si elle aspire à faire compléter l'état de fait, elle doit démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes les faits juridiquement pertinents et les moyens de preuve adéquats en se conformant aux règles de procédure (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90). La cour de céans ne saurait prendre en compte des affirmations qui s'écartent de la décision attaquée sans respecter ces exigences (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18). 
Cette dernière remarque vaut en particulier pour le tableau « en fait » dépeint en préambule de la réponse, au demeurant sans incidence sur le sort de la cause. 
 
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), ce qui signifie qu'il n'est lié ni par les arguments juridiques invoqués par la partie recourante, ni par les considérants de l'autorité précédente (ATF 146 IV 88 consid. 1.3.2; 133 II 249 consid. 1.4.1). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation qu'impose l'art. 42 al. 1 et 2 LTF sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), l'autorité de céans peut se contenter d'examiner les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (ATF 142 III 402 consid. 2.6 p. 413; 140 III 115 consid. 2 p. 116; 133 II 249 consid. 1.4.1; arrêt 4A_539/2021 du 21 février 2023, consid. 2).  
 
3.  
 
3.1. La cliente décoche une première salve de griefs contre sa condamnation au paiement de 92'482 fr. 10 pour des factures impayées, respectivement de 107'289 fr. en guise d'indemnité forfaitaire pour la résiliation du contrat.  
 
3.2. La cour cantonale a admis ces conclusions pécuniaires sur la base de l'art. 6 des conditions générales accompagnant le contrat de prestations de services, dont elle a considéré qu'elles étaient applicables.  
Ceci dit, elle ne s'est pas interrogée sur la manière dont ces clauses avaient été présentées à la cliente et acceptées par celle-ci. 
 
3.3. Des clauses standardisées, préformulées par une partie, destinées à régir un grand nombre de relations contractuelles, n'ont comme telles aucune valeur normative: les partenaires contractuels doivent les incorporer à leur accord (« keine Geltung ohne Übernahme »), en convenant expressément ou tacitement qu'elles en feront partie intégrante et le compléteront (arrêt 4C.282/2003 du 15 décembre 2003 consid. 3.1; ATF 118 II 295 consid. 2a concernant les normes SIA; ARIANE MORIN, in Commentaire romand, Code des obligations I, 3 e éd. 2021, n os 165 et 169 ad art. 1 CO; GAUCH ET ALII, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil [OR AT], vol. 1, 11e éd. 2020, n. 1124 et 1128-1128a). Il est fréquent que le contrat signé renvoie aux conditions générales (GAUCH ET ALII, op. cit., n. 1128b). Parfois, les partenaires apposent leur signature sur le texte même des conditions (ATF 119 II 443 consid. 1a).  
En vertu de la règle de l'insolite ( Ungewöhnlichkeitsregel), l'adhésion censée donnée globalement à des conditions générales ne couvre pas les clauses inhabituelles, sur l'existence desquelles l'attention de la partie la plus faible ou la moins expérimentée en affaires n'a pas été spécialement attirée. L'auteur de conditions générales doit s'attendre, selon le principe de la confiance, à ce que son partenaire contractuel inexpérimenté n'adhère pas à de telles clauses, qui sont inattendues ou atypiques. Une clause qui est usuelle dans une branche de l'économie peut être insolite pour qui n'évolue pas dans cette branche. De surcroît, la clause doit objectivement apparaître comme étrangère à l'affaire, en ce sens qu'elle en modifie la nature de façon essentielle ou sort notablement du cadre légal d'un type de contrat. Plus une clause porte atteinte à la situation juridique du cocontractant, plus elle risque d'être taxée d'insolite (ATF 138 III 411 consid. 3.1; 135 III 1 consid. 2.1; 119 II 443 consid. 1a p. 446; MORIN, op. cit., n os 176 s. ad art. 1 CO; GAUCH ET ALII, op. cit., n. 1136-1138). L'attention est en principe suffisamment attirée si la clause a été rédigée de façon claire, sans équivoque et mise en évidence par des procédés techniques d'impression tels que des caractères gras (MORIN, op. cit., n° 177 ad art. 1 CO).  
 
3.4. En l'espèce, le Tribunal cantonal a simplement retenu dans sa partie « en fait » que « les trois contrats signés étaient accompagnés de conditions générales spécifiques à chacun d'entre eux ». Dans ses considérants juridiques, il a indiqué que les parties « avaient convenu contractuellement » que la cliente pouvait émettre une réserve dûment motivée dans les 30 jours après l'émission de la facture, visant ainsi l'art. 6 des conditions générales « accompagnant » le contrat de prestations de services.  
Force est de constater l'ambiguïté de cette dernière formule, qui a été reprise d'un allégué de la cliente défenderesse (all. 5 de la réponse) tandis que la demanderesse n'avait rien affirmé de son côté: l'allégué 36 de sa demande, cité par la cour cantonale juste après son affirmation selon laquelle les parties « avaient convenu contractuellement » d'un régime dérogatoire, ne fait que reproduire un extrait de l'art. 6 CG sans énoncer quoi que ce soit au sujet de l'intégration des conditions générales. 
Cependant, il faut concéder qu'à aucun endroit dans ses écritures, la défenderesse a nié avoir approuvé ces clauses: elle s'est bien plutôt attachée à démontrer l'inapplicabilité de l'art. 6 CG au cas d'espèce en affirmant que les prévisions envisagées n'étaient pas réalisées: elle avait prétendument signalé la nécessité d'effectuer des ajustements et corrections et s'était plainte de dysfonctionnements. Partant, la cour de céans est liée par les constats et l'analyse de l'autorité précédente selon lesquels les parties « [o]nt convenu » des conditions générales, singulièrement de l'art. 6 CG. 
 
3.5. Ceci dit, un autre écueil saute aux yeux: celui du caractère insolite des deux clauses insérées dans l'art. 6 CG.  
 
3.5.1. La partie recourante entend déjouer l'application de l'art. 6 CG. Pour ce faire, elle s'escrime à démontrer que la situation envisagée par cette règle spéciale ne serait pas réalisée. Ce qui revient à plaider l'inapplicabilité de cette clause, dont le caractère insolite - soulevé à propos d'un autre point - saute aux yeux du Tribunal fédéral, de sorte qu'il peut le prendre en considération et le retenir même si cela a échappé à l'instance précédente (ATF 142 III 402 consid. 2.6 et supra consid. 2.2).  
 
3.5.2. En l'occurrence, l'instance cantonale a admis sans autre l'applicabilité de l'art. 6 CG et ne s'est pas demandé si les deux règles juridiques qu'il contenait (let. A.a supra) étaient usuelles ou non. Or, il s'agit là d'une erreur juridique manifeste: l'autorité précédente aurait dû constater que l'une et l'autre règles péjoraient singulièrement la situation juridique de la cliente et se demander si son attention avait été spécialement attirée sur ces questions, respectivement si elle aurait dû l'être.  
 
3.5.3. Le camp adverse ne saurait prétendre être surpris par l'application de la règle de l'insolite ni dénoncer une violation de son droit d'être entendu (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171; arrêt 4A_126/2019 du 17 février 2020 consid. 2 et les réf. citées; 4A_525/2017 du 9 août 2018 consid. 3.1) : non seulement la partie recourante a soulevé ce problème dans son recours et sa réplique, certes à propos d'une autre disposition; mais en plus, il s'agit d'une thématique classique s'agissant des conditions générales.  
Il reste donc à expliquer pour quelle raison les deux règles contenues à l'art. 6 CG sont manifestement insolites. 
 
3.6. La clause standardisée impartissant à la cliente trente jours au maximum pour s'opposer aux prestations facturées, au moyen d'un courrier recommandé avec accusé de réception, est inhabituelle. Elle porte sérieusement atteinte à la situation juridique de la cliente: si cette dernière omet de réagir dans le délai prescrit, elle sera contrainte de payer les factures réputées admises (sur les clauses de péremption et leur validité, voir BAPTISTE ALLIMANN, La péremption - Etude en droit privé suisse, 2011, n. 608 ss, spéc. n. 625 et n. 634-638; cf. aussi la brève évocation de KARL SPIRO, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, vol. II, 1975, § 391 p. 1006 et sous-note 6). Cette réglementation s'écarte notablement du système légal, qui prohibe tout au plus l'abus manifeste d'un droit (art. 2 al. 2 CC; cf. PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2 e éd. 1997, p. 205, critique au sujet de l'ATF 112 II 500 traitant de la contestation d'une facture); il n'instaure en tout cas pas un délai d'opposition relativement bref sous peine de déchéance, ni ne requiert une telle forme.  
La cour cantonale a jugé, à propos de l'art. 11.2 inséré dans le contrat de prestations de services, que les deux partenaires contractuelles étaient « économiquement égales » et « toutes deux expérimentées en affaires ». 
Il s'agit certes dans les deux cas de sociétés commerciales. Dans cette configuration, l'on peut difficilement parler de « partie forte » et de « partie faible », comme cela se fait à propos d'un contrat de travail ou d'un bail d'habitation. Cependant, la théorie de l'insolite n'est pas réservée à ces seuls cas de figure. Comme cela ressort de la jurisprudence rappelée ci-dessus, une clause peut fort bien être insolite pour qui n'évolue pas dans le segment commercial envisagé. En l'occurrence, l'une des parties (désignée ici comme « l'entreprise ») était spécialisée en informatique, et donc rompue aux particularités des contrats informatiques, contrairement à A.________ SA (la « cliente ») qui avait simplement besoin d'un logiciel pour l'exploitation de ses entreprises. La société informatique est manifestement l'auteur des conditions générales et la rédactrice des contrats. Dans ce contexte, on ne peut pas postuler que les parties étaient sur pied d'égalité au niveau de l'expertise juridique - d'autant moins que l'on ignore dans quelles circonstances ces contrats spécialisés ont été négociés puis signés et quelles personnes (dotées ou non de connaissances juridiques spécifiques) ont agi pour la compte de la cliente. Rien n'indique que l'attention de cette dernière aurait été attirée d'une quelconque façon sur cette clause insolite et l'on ne trouve rien de tel dans les écritures cantonales des parties, singulièrement dans la procédure de l'entreprise demanderesse. Pour toutes ces raisons, la clause ne saurait être opposée à la cliente. 
 
3.7. La même objection, fondée sur les mêmes motifs, peut être formulée à l'encontre de l'indemnité forfaitaire de 107'289 fr. prévue en cas de résiliation sans faute de l'entreprise ( supra let. A.a i.f.). Si son but se devine aisément (épargner à l'entreprise la tâche de rapporter la preuve du dommage et permettre à la cliente de jauger le « coût » d'une telle décision), cette clause standardisée porte elle aussi sérieusement atteinte à la situation juridique de la cliente et s'écarte notablement du régime légal. Pour les motifs qui viennent d'être indiqués, elle n'est pas non plus opposable à la cliente.  
 
3.8. Partant, c'est à l'aune du régime légal que la situation devrait être jugée.  
L'entreprise espérait obtenir 92'482 fr. 10 au titre de factures impayées. Partant, elle devait alléguer et prouver avoir exécuté des prestations fondant une telle créance. Or, les allégations à ce sujet sont réduites à la portion congrue. Croyant à tort pouvoir brandir l'art. 6 CG et en inférer que la cliente devait lui payer ces factures à défaut d'opposition formulée en temps utile, l'entreprise a rédigé sa procédure en conséquence. Vu l'inapplicabilité de la clause précitée, l'on ne peut que constater les insuffisances entachant les écritures cantonales de l'entreprise demanderesse. Tentant de construire une autre forme d'approbation, elle cite un extrait de la jurisprudence voulant que lorsque le demandeur allègue un montant dû et produit une facture détaillée à l'appui, contenant des informations explicites, le défendeur doit indiquer précisément quelles positions de la facture il conteste, à défaut de quoi cette dernière sera réputée admise et ne devra pas être prouvée (arrêt précité 4A_126/2019 consid. 6.1.4; ATF 144 III 519 consid. 5.2.2.3). Elle croit se trouver dans une telle configuration, mais elle omet de citer l'étape antérieure de ce raisonnement, présupposant que le demandeur énonce les faits concrets justifiant sa prétention de manière suffisamment précise (ATF 144 III 519 consid. 5.2.1.1 p. 523), exigence qu'elle n'a clairement pas remplie. Encore une fois, comme elle prétendait devoir être rétribuée pour les prestations fournies, elle devait établir quelles obligations contractuelles elle avait exécutées et quelle rémunération avait été prévue pour celles-ci. Le juge ne saurait se satisfaire d'un simple allégué sur le montant total des factures impayées en désignant une pièce correspondant à une facture en guise de preuve. La demanderesse ne satisfait pas à la jurisprudence, ni ne démontre que la facture contenait les informations nécessaires (ATF 144 III 519 consid. 5.2.1.2). Peu importe que la cliente a reconnu dans la procédure ne pas avoir payé les factures litigieuses, car elle a invariablement contesté en être débitrice, arguant du fait que des dysfonctionnements n'avaient pas été résolus, respectivement que les prestations n'avaient été effectuées que partiellement et de façon insatisfaisante. 
 
3.9. La conclusion en paiement d'un forfait de 107'289 fr. pour la résiliation doit connaître le même sort, par identité de motifs.  
Une indemnisation justifiée par la résiliation des contrats supposerait en tous les cas d'établir le dommage subi par l'entreprise. Or, pour les raisons qui viennent d'être évoquées, ses allégués souffrent du vice qui vient d'être relevé. Sur ce point aussi, la demanderesse a cru pouvoir s'appuyer simplement sur une clause pénale insolite insérée dans des conditions générales, d'où l'insuffisance de ses écritures. 
 
3.10. Tout ceci conduit à donner raison à la cliente/recourante et à rejeter les deux conclusions pécuniaires de l'entreprise/intimée - même si cela tient à d'autres motifs que ceux invoqués dans le recours. Partant, les griefs soulevés à ce sujet sont privés d'objet, ce qui dispense de les traiter.  
 
4.  
 
4.1. Dans une deuxième salve, la cliente s'insurge contre l'interdiction d'utiliser la « Solution » conçue par l'entreprise et contre l'obligation de restituer cette Solution, respectivement contre l'obligation de détruire toutes reproductions, formes et parties des logiciels spécifiques en sa possession. La cour cantonale aurait été inconséquente en accolant au contrat de prestations de services l'étiquette de contrat d'entreprise, tout en méconnaissant que la cliente était devenue propriétaire de l'ouvrage commandé et en avait acquis les droits d'auteur.  
 
4.2. Avant de traiter le grief, un bref rappel des préceptes théoriques s'impose.  
 
4.2.1. La doctrine distingue entre le logiciel standard ( Standardsoftware) d'une part, destiné à une pluralité d'utilisateurs, qu'il s'agisse du grand public (par exemple le traitement de texte Word, le tableur Excel) ou d'un nombre indéfini de clients dans un secteur particulier (médecins, avocats, hôpitaux, etc...), et le logiciel individualisé ou spécifique ( Individualsoftware) d'autre part, conçu pour résoudre le problème spécifique d'un client (NEFF/ARN, in Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIW], vol. II/2 Urheberrechtlicher Schutz der Software, 1998, p. 119; MICHAEL MARTINEK, Moderne Vertragstypen, vol. III, 1993, p. 7 s.). Il existe aussi des formes intermédiaires: le fournisseur adapte un logiciel standard aux nécessités particulières d'un client. Le travail peut aller de la simple installation à une véritable personnalisation (« Customizing »), en passant par le paramétrage du programme standard (GIANNI FRÖHLICH-BLEULER, Softwareverträge, 2 e éd. 2014, n. 19 et 1667).  
 
4.2.2. La mise à disposition des droits d'utilisation d'un logiciel (« Softwareüberlassung ») met en cause trois domaines juridiques: la propriété intellectuelle, le droit des obligations et les droits réels (LUKAS MORSCHER, Software-Überlassungsverträge, Teil I [...], in Softwareverträge, [Hans Rudolf Trüeb éd.] 2004, p. 62). L'autonomie des parties règne en la matière. Au besoin, il faudra interpréter le (s) contrat (s) selon les méthodes habituelles et en tenant compte du but de la mise à disposition (« Zweckübertragungstheorie »), théorie de la finalité développée en droit d'auteur (WILLI EGLOFF, in Le nouveau droit d'auteur, 4e éd. 2021, nos 25-26 ad art. 16 LDA; FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 820-821).  
 
4.2.3. Les parties peuvent notamment convenir d'un contrat de licence pour une certaine durée moyennant paiement de redevance (s); un tel accord peut avoir pour objet un logiciel standard ou un logiciel individualisé (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2368 et 2501). Selon que le fournisseur est tenu d'installer le programme informatique pour le client, voire de le paramétrer en profondeur, il aura un devoir accessoire ou une obligation principale relevant du contrat d'entreprise (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2392). Ce type d'accord ne prévoit a priori aucune cession des droits d'utilisation (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2528 s.; voir aussi IVAN CHERPILLOD, Protection des logiciels et des bases de données: la révision du droit d'auteur en Suisse, in RSPI 1993, p. 57) : le fournisseur concède un droit relatif, limité dans le temps, à utiliser le logiciel. Les parties peuvent convenir d'un contrat de durée déterminée ou fixer un délai pour opérer une résiliation ordinaire, le cas échéant après une durée minimale (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2942-2944). Lorsque ce contrat prend fin, le client n'est plus autorisé à utiliser le software - ce qui est souvent précisé dans le contrat. S'il continue à le faire, il enfreint le droit d'auteur (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2954 et 2984) : il doit restituer le software ou le détruire. Le contrat exige parfois qu'il confirme cette destruction par écrit (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 2967 et 2986).  
 
4.2.4. Lorsque le fournisseur remet au client un logiciel spécifique, il faut adopter la prémisse qu'il lui confère une simple autorisation d'utiliser le produit sans lui transférer ses droits. Ceci dit, il faut en premier lieu déterminer si le contrat réglemente ce point, et le cas échéant l'interpréter (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 19 et 819 ss; CHERPILLOD, op. cit., p. 57). Certains indices plaident pour une véritable cession des droits, en particulier lorsque le logiciel est issu d'un développement entièrement nouveau. Il faut aussi examiner dans quelle mesure le programme contient des secrets d'affaire du client, si ce dernier veut éviter que des concurrents puissent utiliser ce produit, respectivement dans quelle mesure sa collaboration et son savoir-faire ont été nécessaires dans la confection du logiciel, s'il a assumé l'intégralité des frais de développement ou s'il a obtenu un fort rabais, etc... (FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 822-824; URSULA WIDMER, Der urheberrechtliche Schutz von Computerprogrammen, in RDS 1993 I 258 sous-note 82; CHERPILLOD, op. cit., p. 57).  
 
4.2.5. La remise du code-source au client ne signifie pas impérieusement qu'il s'est fait céder les droits d'auteur sur le logiciel, même si cela peut constituer un indice (JACQUES DE WERRA, in Commentaire romand, Propriété intellectuelle, 2013, n° 53 ad art. 16 LDA et le même, in Urheberrechtsgesetz (URG), Commentaire Stämpfli, 2 e éd. 2012, n° 51 ad art. 16 LDA; FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., n. 825 et la réf. à l'ATF 125 III 263; GEORG RAUBER, in Urhebervertragsrecht, [Magda Streuli-Youssef éd.] 2006, p. 198 s. et p. 243 s.; CHERPILLOD, op. cit., p 57 i.f. -58; arrêt de la Cour de justice genevoise du 14 novembre 2008 [ACJC/1372/2008] consid. 5.4, in sic! 2010 p. 25).  
 
4.2.6. En l'espèce, l'arrêt enseigne tout au plus que l'entreprise a concédé une licence sur un logiciel généraliste et devait apporter des développements adaptés aux besoins de la cliente. L'entreprise a obtenu de l'instance cantonale qu'elle interdise à la cliente de poursuivre l'utilisation de la « Solution », soit des paramétrages du progiciel standard, des modules et des logiciels spécialement conçus pour elle, respectivement qu'elle restitue cette « Solution » et enfin, qu'elle détruise « toutes reproductions, formes et parties des 'Logiciels spécifiques' en sa possession ». Sur le vu des réflexions théoriques qui précèdent et des maigres renseignements dont on dispose, il n'y a certainement pas matière à retenir une violation du droit fédéral, comme le voudrait la cliente qui invoque en particulier les art. 16 LDA, 377 CO et 19 CO. Faisant grand cas du fait que l'entreprise intimée devait effectuer des adaptations pour ses besoins propres, elle argue du fait que le contrat de prestations de services a été perçu comme un contrat d'entreprise, ce qui implique selon elle la livraison d'un ouvrage qu'elle pourrait conserver. C'est oublier les nuances existant en ce domaine et la difficulté de réduire la relation contractuelle à un ou plusieurs types de contrats nommés. Il est indéniable que cette relation a compté une part de prestation (s) proche (s) du contrat d'entreprise. Mais de là à en déduire qu'il y aurait eu une cession des droits d'auteur à la cliente - laquelle ne saurait être astreinte à restituer la « Solution » et à en détruire certains éléments, même si les contrats prévoient le contraire -, il y a un pas que la cour de céans se gardera de franchir. La cliente recourante n'indique pas quelles clauses contractuelles dûment alléguées dans la procédure feraient augurer d'une cession des droits d'auteur plutôt que d'une simple autorisation d'utiliser les logiciels (licence), respectivement ne désigne pas d'indices semblables à ceux évoqués par la doctrine qui permettraient d'augurer d'une telle cession. Elle insiste sur le fait qu'elle devait collaborer étroitement avec l'entreprise fournisseuse; or, à lui seul, cet élément vague ne permet pas d'inférer un transfert des droits d'utilisation à la cliente. Quant à l'obligation de restituer les « sources » prévue à l'art. 11.2 du contrat de prestations de services (let. A.a supra), elle ne fait pas impérieusement conclure à un transfert définitif des droits. La cliente recourante objecte encore que la mise en oeuvre d'une expertise informatique lui a été refusée. Cependant, comme elle se plaît à le souligner, cette mesure visait à démontrer que l'entreprise n'avait pas - ou très imparfaitement - exécuté ses obligations et qu'elle avait ainsi provoqué la résiliation par ses défaillances. Rien n'indique que la cliente ait cherché à faire expliciter par un spécialiste l'objet précis des contrats, renseignements qui pourraient ensuite être exploités juridiquement en sa faveur. Dans ces circonstances, la cour n'a d'autre issue que de rejeter le grief.  
 
4.3. La cliente objecte encore que la clause contractuelle 11.2 entraînerait un « engagement excessif » contraire à ses droits de la personnalité et à sa liberté économique (art. 27 al. 2 CC et 27 Cst.) : encore une fois, elle aurait intégralement payé l'outil adapté à ses besoins spécifiques, dont elle aurait acquis la pleine propriété, si bien qu'elle ne saurait être astreinte à restituer les sources et à détruire toute reproduction des logiciels spécifiques (sur cet argument, cf. FRÖHLICH-BLEULER, op. cit., p. 230). Une condamnation reviendrait à la priver d'un outil au coeur de son activité de gestion et mettrait son existence en péril. Semblable solution serait disproportionnée.  
Telle est pourtant l'essence d'un contrat de licence - même assorti d'une prestation principale afférente au contrat d'entreprise: le preneur doit s'acquitter d'une ou plusieurs redevances, sans pour autant acquérir la propriété du bien protégé par le droit d'auteur. En l'occurrence, l'on ignore tout de la/des rémunération (s) convenue (s). Une telle lacune, qui s'ajoute aux explications qui viennent d'être données (consid. 4.2), ne peut qu'entraîner le rejet du grief. 
 
4.4. Ces réflexions impliquent le rejet des conclusions reconventionnelles en constatation de droit.  
 
5.  
 
5.1. La cliente se plaint encore du rejet de ses conclusions reconventionnelles en réparation du dommage.  
 
5.2. Elle a réclamé trois millions de francs à l'entreprise demanderesse, que la cour cantonale a refusé de lui allouer.  
Dite autorité a rappelé que la procédure était régie par la maxime des débats, si bien qu'il convenait de formuler des allégués suffisamment précis pour que la partie adverse puisse indiquer si elle les admettait ou les contestait, d'une part, et pour que le juge puisse dresser le tableau exact des faits nécessitant l'administration des preuves, d'autre part (cf. ATF 144 III 519 consid. 5.2.1.1). Or, la cliente avait émis, au sujet du dommage et plus spécialement de son montant, des « allégués et offres de preuves [...] lacunaires, pour ne pas dire totalement inconsistants ». L'instance cantonale lui a aussi tenu rigueur de ne pas avoir prouvé une faute imputable à la partie adverse, l'existence même d'un dommage, ainsi que le lien de causalité entre celui-ci et celle-là. 
La cour cantonale a ainsi fourni une argumentation bicéphale, dont l'absence de preuves concluantes ne constitue que l'une des deux branches indépendantes. Or, la recourante a braqué sa défense sur ce seul point, fustigeant le refus d'administrer certaines preuves. Elle fait grand cas du refus d'ordonner une expertise censée établir son dommage, sans répondre à l'attaque selon laquelle les allégués que cette mesure devrait prouver sont inconsistants. L'on cherche en vain dans le recours la démonstration, références à l'appui, que des allégués précis auraient bel et bien été introduits à ce sujet. Tout au plus débusquera-t-on, dans un autre chapitre du recours, l'affirmation inexacte selon laquelle « le procès [serai]t soumis à la maxime inquisitoire ». La référence à des dispositions du CPC consacrées au droit matrimonial et au droit de la famille (art. 272 et 296 al. 1 CPC) suffit à démontrer la fausseté de ces postulats: en réalité, la procédure ordinaire trouvait ici application (cf. JACQUES HALDY, in Commentaire romand, Code de procédure civile, 2 e éd. 2019, n° 4 ad art. 5 CPC), tout comme la maxime des débats (art. 55 al. 1 CPC), comme l'a constaté l'autorité précédente. Le défaut de motivation vaut au grief d'être déclaré irrecevable.  
 
6.  
En définitive, le recours doit être admis partiellement et l'arrêt attaqué réformé, en ce sens que les chiffres I/1 et I/2 du dispositif de l'arrêt attaqué sont supprimés, cet arrêt étant confirmé pour le surplus (ch. I préambule, ch. I/3, I/4 et I/5 du dispositif). 
La cliente recourante obtient gain de cause sur la part de ses conclusions visant à obtenir le rejet des prétentions pécuniaires du camp adverse, qui s'élevaient au total à 199'771 fr. 10. En revanche, elle perd sur sa conclusion reconventionnelle en paiement de 3 millions de fr., tout comme sur les conclusions de la partie adverse en interdiction d'utiliser la « Solution », respectivement en obligation de restituer cette « Solution » et de détruire des reproductions et parties des logiciels spécifiques (ce qui entraîne de facto le rejet de ses propres conclusions reconventionnelles fondées sur un prétendu droit d'auteur). Vu notamment le sort des griefs, l'ampleur et la difficulté de la cause (cf. art. 65 al. 2 et art. 66 al. 1 LTF), les trois quarts des frais afférents à la présente procédure seront mis à la charge de la cliente recourante, tandis que le quart restant sera supporté par l'intimée. La même clé de répartition s'appliquera pour les dépens, arrêtés à 30'000 fr. pour chaque camp. Après compensation, la recourante devra encore 15'000 fr. à l'entreprise intimée (cf. GRÉGORY BOVEY, in Commentaire de la LTF, 3 e éd. 2022, n° 42 ad art. 68 LTF).  
La cause sera retournée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais lato sensu de la procédure cantonale. A ce propos, la recourante déplore que la répartition des frais et dépens opérée par cette instance contrevienne à l'art. 106 al. 2 CPC.  
La question restera d'actualité lorsqu'il s'agira de statuer à nouveau: il faudra en effet soupeser à nouveau le poids accordé au rejet de la conclusion 6 de l'entreprise en paiement de 2'635 fr. par jour d'utilisation indue des « logiciels spécifiques ». Il suffit en l'état de rappeler l'important pouvoir d'appréciation du juge et d'ajouter que le sort mathématique des conclusions n'est pas seul décisif: le juge peut se laisser guider également par le travail occasionné par le traitement d'un grief et son degré de complexité. 
 
 
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :  
 
1.  
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les chiffres I/1 et I/2 de son dispositif sont supprimés. Il est confirmé pour le surplus. 
 
2.  
Les frais de la présente procédure, arrêtés à 25'000 fr., sont mis pour 3/4 à la charge de la recourante (18'750 fr.) et pour un quart à la charge de l'intimée (6'250 fr.). 
 
3.  
A titre de dépens réduits, la recourante versera à l'intimée une indemnité de 15'000 fr. 
 
4.  
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais de la procédure cantonale. 
 
5.  
Le présent arrêt est communiqué aux parties ainsi qu'à la II e Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois.  
 
 
Lausanne, le 11 juillet 2023 
 
Au nom de la I re Cour de droit civil  
du Tribunal fédéral suisse 
 
La Juge présidant : Kiss 
 
La Greffière : Monti