Gli spazi vitali naturali (biotopi) della fauna e della flora minacciate di estinzione non sono, come le foreste, direttamente protetti dal diritto federale ma devono essere determinati dalla Confederazione e dai cantoni che devono anche adottare i provvedimenti necessari alla loro protezione e alla loro manutenzione (art. 18a e b LPN; consid. 3a).

Nel delimitare i biotopi degni di protezione e nell'adottare le opportune misure di protezione occorre procedere a una ponderazione completa dei contrapposti interessi privati e pubblici (consid. 3b).

La protezione dei biotopi dev'essere realizzata nell'ambito della procedura di pianificazione prevista dalla LPT. I mezzi con cui viene adempiuto il compito prescritto dal diritto federale sono rimessi al giudizio dei cantoni (consid. 3c).

Poiché il martin pescatore è minacciato di estinzione (consid. 4b), i cantoni devono delimitare il suo spazio vitale naturale e proteggerlo come biotopo d'importanza regionale. Un piano di quartiere la cui realizzazione minacci questo spazio vitale può essere annullato (consid. 4a, c, d e 5). Le autorità cantonali beneficiano di un vasto margine di apprezzamento per adempiere tale compito (consid. 3d e 6).